キョンの捕獲に使える箱ワナはありますか？

はい、あります。

サルの捕獲用に開発したS-128、S-108はキョンの捕獲にも使えます。
中型獣用の小型箱わなとして、最も大きいKR-45も使えると思います。
S-128：W 600 × H 700 × L 1,280mm
S-108：W 600 × H 700 × L 1,080mm
KR-45：W 410×H 520×L 1,120mm
箱ワナの運搬や設置を考えると、S-108かKR-45が良いでしょう。
KR-45はエサ吊り式だけなので、蹴り糸で捕獲したいなど別の方法を
選択するのであれば、S-108がオススメです。